Ngày 8 tháng 1 năm 1902, Toàn Quyền Đông Dương, Paul Doumer ký sắc lệnh thành lập Trường Đại học Y Hà Nội cùng với việc bổ nhiệm Bác Sỹ A. Yersin giữ chức vụ Hiệu Trưởng. Hai bác sỹ được phân công giảng dạy lâm sàng là bác sỹ Le Roy des Barres (sản khoa) và Degorce (ngoại khoa). Khung chương trình xây dựng đào tạo Y Sỹ Bản Địa với thời gian 3 năm và từ năm thứ hai, sinh viên đã được học môn Ngoại Bệnh Lý.

Năm 1913, với sự đóng góp của bác sỹ Cognaq, trường xây dựng chương trình đào tạo Y Sỹ Đông Dương với khung chương trình 4 năm và từ năm thứ hai cho đến năm thứ tư, sinh viên đều được học môn Ngoại Bệnh Lý. Một điều quan trọng trong giai đoạn này là năm 1904, chính quyền Pháp xây dựng bệnh viện Bản Xứ, rồi đổi tên thành bệnh viện Bảo Hộ - tiền thân của bệnh viện Việt-Đức ngày nay - là một trong những bệnh viện thực hành của trường mà sau này trong mọi giai đoạn lịch sử, bộ môn Ngoại Trường Đại Học Y Hà Nội luôn luôn gắn bó. Theo sắc lệnh ngày 30 tháng Tám năm 1923, bệnh viện Bảo Hộ trở thành bệnh viện thực hành của trường y nên chức vụ Giám Đốc bắt buộc phải do một Giáo sư của trường đảm nhiệm nếu hiệu trưởng không kiêm giám đốc nhưng từ năm 1955, Bộ Y Tế đã xoá bỏ hình thức này bằng một quyết định đặt bệnh viện Bạch Mai và bệnh viện Việt Đức trực thuộc bộ.

Năm 1943, Trường mới hình thành bộ khung cán bộ giảng dạy chuyên ngành ngoại gồm bác sỹ Hồ Đắc Di, Vũ Đình Tụng bác sỹ Huard với các thày trợ giảng là Tôn Thất Tùng, Phạm Biểu Tâm và Nguyễn Xuân Chữ. Trong giai đoạn này, các thày giảng dạy chuyên ngành ngoại thường kiêm nhiệm luôn dạy hoặc hướng dẫn môn giải phẫu cùng với bác sỹ Đỗ Xuân Hợp vì thế bên cạnh thời gian lăn lộn ở bệnh viện Phủ Doãn, các thày dạy môn ngoại còn say mê gắn bó với Viện Giải Phẫu trong nghiên cứu và giảng dạy.

Giai đoạn này tuy số lượng bác sỹ đào tạo không được nhiều nhưng lại có một tầm quan trọng hết sức lớn lao đối với ngành ngoại khoa nói riêng và ngành y học hiện đại Việt Nam nói chung vì đã đào tạo ra các Thày của ngành ngoại khoa cũng như các chuyên ngành khác như nội khoa, sản khoa, nhãn khoa, cơ thể bệnh… Ngoại trừ GS.BS. Hồ Đắc Di được đào tạo theo hệ thống bác sỹ nội trú các bệnh viện Paris tại bệnh viện Tenon, các thày ngoại khoa của Việt Nam dân y hay quân y đều được đào tạo trong giai đoạn này tại Trường Đại Học Y Hà Nội với các tên tuổi như Tôn Thất Tùng, Đỗ Xuân Hợp, Phạm Biểu Tâm, Nguyễn Trinh Cơ, Hoàng Đình Cầu, Nguyễn Thúc Tùng, Nguyễn Hữu, Phạm Gia Triệu,… Chúng ta cũng phải nhắc đến tên tuổi của các Giáo sư bác sỹ người Pháp đã có công không nhỏ trong việc đào tạo nên các bậc thày đầu ngành ngoại khoa của Việt Nam: đó là bác sỹ Huard và bác sỹ Mayer-May.

Mùa Thu năm 1945, Chủ Tịch Hồ Chí Minh long trọng công bố với thế giới sự ra đời của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hoà sau gần một thế kỷ bị thực dân Pháp đô hộ. Ngày 15-11-1945, Trường Đại Học Y Hà Nội khai giảng năm học mang một dấu ấn lịch sử đặc biệt của nhà trường, với người Hiệu trưởng Việt Nam đầu tiên, Giáo sư bác sỹ Hồ Đắc Di cùng với sự hiện diện của vị Chủ tịch nước trong khí thế hào hùng của một nền độc lập non trẻ. Bộ khung cán bộ giảng dạy trong bộ môn vẫn giữ nguyên những Giáo sư, bác sỹ và trợ giảng như trước năm 1945, chỉ khác là hoàn toàn người Việt: Tôn Thất Tùng, Hoàng Đình Cầu, Phạm Biểu Tâm, Nguyễn Thúc Tùng, Nguyễn Hữu, Phạm Gia Triệu…Bác sỹ Tôn Thất Tùng được bổ nhiệm giám đốc bệnh viện Phủ Doãn.

Năm 1946, Pháp trở lại xâm lược Việt Nam, bắt đầu ở Nam Bộ nhiều thày và trò của bộ môn đã có mặt trên dòng người nam tiến như Trương Công Trung, Hoàng Đình Cầu và sau đó Nguyễn Thúc Tùng vào thay thế bác sỹ Hoàng Đình Cầu… Để cứu vãn nền hoà bình và tận dụng thời gian xây dựng nước Việt Nam độc lập non trẻ, chính phủ Việt Nam đã cố gắng tối đa nhường nhịn nhưng trước dã tâm của thực dân Pháp, đêm 19 tháng Mười Hai năm 1946, đại bác ở Pháo Đài Láng phát lệnh cùng với lời kêu gọi toàn quốc kháng chiến của bác Hồ kính yêu. Các thày và trò của bộ môn được phân công toả đi phục vụ các mặt trận thành lập các trạm phẫu thuật tại Văn Điển (bác sỹ Vũ Đình Tụng, sinh viên Vũ Đình Tuân), Cự Đà, Vân Đình (bác sỹ Tôn Thất Tùng, Phạm Hữu Trí, sinh viên Nguyễn Văn Vân, Đỗ Doãn Đại, Nguyễn Huy Phan, Nguyễn Như Bằng, Trần Quang Vỹ, Nguyễn Văn Nhân …), Kim Lũ (bác sỹ Nguyễn Hữu, sinh viên Trần Mạnh Chu, Nguyễn Văn Quảng, Nguyễn Tấn Hồng), Nam Định (bác sỹ Nguyễn Trinh Cơ, sinh viên Trần Văn Bảo)…

Tháng 2 năm 1947, Trường Đại Học Y Dược Khoa hoạt động trở lại ở Vân Đình. Tháng 5 năm 1947, trường vừa mới triển khai giảng dạy tại bệnh viện Tuyên Quang thì địch nhảy dù Phú Thọ và Việt Trì, trường phải di chuyển lên Ngòi Quãng, Làng ải, huyện Chiêm Hoá, tỉnh Tuyên Quang. Hoạt động của trường tại núi rừng Việt Bắc như một thách thức trước kẻ thù. Sinh viên đào tạo chủ yếu để đáp ứng nhu cầu cho các mặt trận nên chủ yếu là học các môn về giải phẫu và ngoại sản. Bộ môn Ngoại lấy ngày thành lập ngày 6 tháng 10 năm 1947 vì ngày đó là ngày lễ khai giảng năm học 1947-1948, ngày được coi như là ngày thành lập Trường Đại học Y khoa kháng chiến. Thày dạy lâm sàng chủ yếu là GS Hồ Đắc Di và bác sỹ Tôn Thất Tùng, về sau có được bổ sung các thày Đặng Văn Ngữ, Đặng Vũ Hỷ... Do rất thiếu cán bộ quân y tại các mặt trận nên phương châm đào tạo đặt ra là học tập - đi mặt trận – về tổng kết và bổ túc - đi mặt trận. Chương trình giải phẫu và ngoại khoa được chú trọng đặc biệt cùng với các kỹ thuật xử lý vết thương phần mềm, cắt cụt, thắt động mạch, chống nhiễm trùng, kỹ thuật gây tê và bó bột là những công việc thường xuyên của các bác sỹ tại mặt trận. Chính vì mục tiêu đào tạo được xác định hết sức rõ ràng và cụ thể nên những sinh viên y ra mặt trận đều hoàn thành nhiệm vụ một cách xuất sắc. Mặc dầu khó khăn như vậy, một bệnh viện thực hành của nhà trường cũng được xây dựng với thiết kế kiến trúc của sinh viên Võ Như Tỷ (hy sinh tại mặt trận miền trung khi là quân y trưởng trung đoàn 101) để đáp ứng cho điều trị và đào tạo Những sinh viên trong giai đoạn này sau này đều trưởng thành và giữ các trách nhiệm chủ chốt của bộ môn như Nguyễn Bửu Triều, Phạm Văn Phúc …

Năm 1947 địch nhảy dù Bắc Cạn, mở màn chiến dịch Thu Đông, quân đội Pháp đốt phá tan hoang trường và bệnh viện tại Ngòi Quãng, Làng ải, Chiêm Hoá, Tuyên Quang, bắc loa gọi Thày Di và Thày Tùng ra đầu hàng. Ngày 21 tháng 11 địch rút chạy thì ngày 3 tháng 12 năm 1947, trường tiếp tục giảng dạy và xây dựng lại nhà cửa. Tháng 9 năm 1948, trường và bệnh viện chuyển về xã Trung Giáp, huyện Phù Ninh, Phú Thọ. Trường tái giảng ngày 5 tháng 3 năm 1949 thì ngày 3 tháng 5, địch mở chiến dịch Pomone, nhảy dù Đoan Hùng, tấn công lên Tuyên Quang, bác sỹ Tôn Thất Tùng đi mặt trận Sông Lô và được Bác Hồ chính thức chỉ định làm cố vấn phẫu thuật cho Bộ Tổng Tư Lệnh. Địch đốt phá cơ sở Trung Giáp, trường lại di chuyển về Cầu Hai và tháng 10 năm 1949 trường quay lại Chiêm Hoá, chuẩn bị khai giảng năm học 1949-1950. Bác sỹ Nguyễn Dương Quang sau khi tốt nghiệp được giữ lại làm cán bộ giảng dạy. Các sinh viên được cử về các đơn vị bộ đội phụ trách quân y như Nguyễn Xuân Ty ở Sư 308, Vũ Tam Hoán ở trung đoàn Sông Lô …

Năm 1950, cục diện chiến trường thay đổi, ta chuyển từ phòng ngự sang phản công mở màn bằng chiến dịch Biên Giới, tiếp đến là chiến dịch Trung Du, các đội điều trị được thành lập đi phục vụ mặt trận, trong đó đội điều trị 2 do bác sỹ Nguyễn Trinh Cơ phụ trách, đội điều trị 3 do bác sỹ Nguyễn Dương Quang và bác sỹ Nguyễn Bửu Triều phụ trách. Năm 1952 trường dự kiến tuyển 100 sinh viên trong đó dành riêng 50 sinh viên đào tạo cho ngành ngoại khoa những chỉ tuyển được 71 người mà sau này nhiều người trong số này hết sức gắn bó với bộ môn như Tôn Đức Lang, Nguyễn Đức Ninh, Lê Xuân Trung, Nguyễn Thuyên, Nguyễn Quang Long …

Chiến dịch kế tiếp chiến dịch. Tiếp sau chiến dịch Trung Du là chiến dịch Quang Trung, chiến dịch Đồng Bằng, chiến dịch Tây Bắc và kết thúc ở chiến dịch lịch sử Điện Biên Phủ. Bước chân của thày trò trường y theo sát bước chân của bộ đội trên mọi chiến trường. Bác sỹ Phạm Văn Phúc đã mổ cho anh hùng quân đội La Văn Cầu tại mặt trận Đông Khê năm 1950. Bác sỹ Nguyễn Xuân Ty phụ trách đội điều trị sư đoàn 308. Ngay tại chiến dịch lịch sử Điện Biên Phủ, bác sỹ Tôn Thất Tùng, cùng với bác sỹ Vũ Đình Tụng phụ trách cố vấn quân y toàn mặt trận và ông trực tiếp thường xuyên mổ xẻ các vết thương sọ não tại đội điều trị 1. Chính vì sự đóng góp một cách hết sức hiệu quả về công tác ngoại khoa của thày và trò bộ môn cho công tác cứu chữa thương binh tại các mặt trận và hậu phương, đặc biệt trong chiến dịch lịch sử Điện Biên Phủ nên Đại Tướng Tổng Tư Lệnh Võ Nguyên Giáp trong hồi ký Đường tới Điện Biên có viết Quân Đội Nhân Dân Việt Nam luôn luôn biết ơn Trường Đại Học Y Dược.

Với thắng lợi vang dội của chiến dịch lịch sử Điện Biên Phủ, miền Bắc được hoàn toàn giải phóng. Đoàn người 8 năm trước ra đi nay quay trở về Hà Nội trong khí thế hào hùng của những người chiến thắng. Hoà với lớp người ở lại bệnh viện Phủ Doãn, họ bắt tay xây dựng ngành ngoại khoa từ công tác đào tạo cán bộ cho đến phát triển kỹ thuật. Cán bộ giảng dạy bộ môn trừ Thày Tùng còn lại phần lớn là kiêm nhiệm đó là các bác sỹ Nguyễn Dương Quang, Nguyễn Văn Vân, Nguyễn Thường Xuân, Đặng Kim Châu, Lương Tấn Trường, Trần Văn Sáng (bệnh viện Phủ Doãn), Nguyễn Trinh Cơ, Nguyễn Xuân Ty, Nguyễn Bửu Triều (108). Cho đến khoá sinh viên tốt nghiệp 1959 và 1960, lực lượng chính thức của bộ môn mới được hình thành như Nguyễn Xuân Thụ (Thụ A), Nguyễn Mễ, Lưu Văn Thông, Vũ Tự Huỳnh (1959), Vương Hùng, Đỗ Đức Vân, Đặng Hanh Đệ, Phạm Hoàng Phiệt, Nguyễn Nguyên Khôi, Nguyễn Thụ (Thụ B), Ngô Đình Mạc, Nguyễn Đình Hối, Dương Chạm Uyên, Ngô Bảo Khang, Đỗ Nguyên Phương, Nguyễn Đức Phúc (1960). Các bác sỹ Hối, Uyên, Phương, lúc đầu bổ sung cho bộ môn giải phẫu, các bác sỹ Khang, Phúc lúc đầu biên chế ở thư viện và giáo vụ, tham gia 50% bộ môn ngoại, về sau mới chuyển hẳn về bộ môn. Năm 1962 được bổ sung bác sỹ Đỗ Kim Sơn, Trần Quán Anh, Dương Đức Bính, Nguyễn Luân, Nguyễn Văn Thái. Năm 1963 được bổ sung bác sỹ Nguyễn Đoàn Hồng. Năm 1965 được bổ sung các bác sỹ Lê Ngọc Từ, Lê Đình Cầu, Nguyễn Quang Bài, Phạm Đình Châu, Bùi Chu Hoành, Nguyễn Quang Nghĩa, Võ Văn Song. Trụ sở bộ môn chính thức đặt tại bệnh viện Việt-Đức.

Bộ môn Ngoại bao gồm cả chuyên ngành gây mê được chia thành ba bộ môn: bộ môn Ngoại Cơ Sở, dạy triệu chứng học do bác sỹ Nguyễn Dương Quang phụ trách, bao gồm cả tổ gây mê có các bác sỹ Đỗ Nguyên Phương, Nguyễn Thụ, Đỗ Kim Sơn, Trần Quán Anh, Nguyễn Văn Thái, Phạm Đình Châu, Nguyễn Luân, Lê Ngọc Từ, Bùi Chu Hoành, Nguyễn Quang Bài, Lê Đình Cầu; bộ môn Ngoại Bệnh Lý dạy bệnh học ngoại khoa do bác sỹ Nguyễn Trinh Cơ, Phó Hiệu Trưởng nhà trường phụ trách có các bác sỹ Đỗ Đức Vân, Nguyễn Xuân Thụ, Vương Hùng, Dương Chạm Uyên, Lưu Văn Thông, Dương Đức Bính, Nguyễn Quang Nghĩa, Phạm Gia Khánh …; bộ môn Ngoại Lâm Sàng do Giáo sư Tôn Thất Tùng phụ trách dạy các thủ thuật ngoại khoa cho Y6 và các lớp Y5 đi B, có các bác sỹ Bửu Triều, Nguyễn Đình Hối, Phạm Hoàng Phiệt, Đặng Hanh Đệ, Ngô Bảo Khang … Tổng Giáo vụ Bộ môn lúc đầu là bác sỹ Lưu Văn Thông (kiêm bí thư chi bộ), sau đó thay bằng bác sỹ Nguyễn Đình Hối. Các bác sỹ bệnh viện Việt Đức được bộ môn mời tham gia giảng dạy gồm có các bác sỹ Nguyễn Xuân Ty (lồng ngực), Nguyễn Thường Xuân, Lê Xuân Trung (thần kinh sọ não), Võ Tấn Ca (tiết niệu), Nguyễn Văn Đức (nhi khoa), Nguyễn Văn Vân, Nguyễn Đức Ninh (tiêu hoá), Đặng Kim Châu, Nguyễn Quang Long (chấn thương chỉnh hình), Tôn Đức Lang (gây mê hồi sức), Nguyễn Thuyên (gan mật).

Trong giai đoạn này bên cạnh công tác giảng dạy, công tác nghiên cứu khoa học bộ môn tập trung vào các đề tài về gan, mật (Tôn Thất Tùng, Phạm Hoàng Phiệt), phẫu thuật dạ dày và cắt thần kinh X (Nguyễn Trinh Cơ, Nguyễn Đình Hối, Đỗ Đức Vân), tăng áp lực tĩnh mạch cửa (Nguyễn Trinh Cơ, Đỗ Kim Sơn, Phạm Đình Châu), chuẩn bị ghép thận (Nguyễn Trinh Cơ, Vương Hùng, Nguyễn Thụ, Nguyễn Nguyên Khôi)…

Để mở rộng địa bàn giảng dậy, trên cơ sở dự kiến bệnh viện Bạch Mai sẽ phát triển thành bệnh viện thực hành trực thuộc Trường Đại Học Y, bộ môn đã phát triển khoa ngoại bệnh viện Bạch Mai dưới sự chỉ đạo trực tiếp của bác sỹ Nguyễn Trinh Cơ và sự đóng góp của các bác sỹ Nguyễn Bửu Triều, Lưu Văn Thông, Vương Hùng, Dương Chạm Uyên, Đỗ Đức Vân, Lê Ngọc Từ, Lê Đình Cầu, Phạm Gia Khánh... Bên cạnh bệnh viện Bạch Mai, bộ môn phát triển sang bệnh viện St Paul; bác sỹ Ngô Đình Mạc được biệt phái sang giảng dạy cho sinh viên và tăng cường công tác mổ xẻ. Một địa điểm nữa được nhà trường hết sức quan tâm là xây dựng phân hiệu đại học y Hải Phòng dưới sự chỉ đạo của bác sỹ Nguyễn Trinh Cơ, bác sỹ Nguyễn Đức Phúc đã được biệt phái xuống bệnh viện Việt Tiệp trong nhiều năm.

Có một người phụ nữ trong giai đoạn này khi nhắc đến bộ môn ngoại không thể không nhắc tên chị được, đó là chị Nguyễn Thu Tâm. Chị không phải là cán bộ đại học nhưng chị là linh hồn của chi bộ bộ môn. Chị chính là một người đảng viên âm thầm đóng góp cho sự nghiệp phát triển của bộ môn bên cạnh các Giáo sư, bác sỹ.

Ngày 5-8-1965, đế quốc Mỹ ném bom miền Bắc, bắt đầu cho một giai đoạn mở rộng chiến tranh xâm lược trên toàn lãnh thổ Việt Nam. Tháng 10 năm 1965, Trường Đại Học Y Hà Nội sơ tán lên xây dựng cơ sở cho học tập trong 3 năm đầu tại các xã Hợp Thành, Phủ Lý, huyện Phú Lương, Bắc Thái. Năm 1966, bộ môn ngoại cơ sở lên dậy lý thuyết cho các lớp sinh viên Y3 khoá 1963-1969 trong khi các lớp Y4, Y6 vẫn thực tập tại các bệnh viện Hà Nội. Năm 1967, máy bay Mỹ thường xuyên đánh phá Hà Nội, để bảo đảm hài hoà giữa an toàn học tập với phục vụ, sinh viên học môn ngoại một phần ở lại Hà Nội và một phần theo cán bộ giảng dạy đưa đi học tại các bệnh viện tuyến tỉnh như Hải Phòng (bác sỹ Nguyễn Đức Phúc), Hà Đông (bác sỹ Lê Ngọc Từ), Sơn Tây (bác sỹ Đỗ Kim Sơn), Hà Nam (Nguyễn Xuân Thụ, Lưu Văn Thông) cũng như tuyến huyện như Bần, Yên Nhân (Đỗ Đức Vân, Vương Hùng) …

Bên cạnh việc đưa sinh viên đi thực tập và phục vụ tại các địa phương, nhiều cán bộ của bộ môn đã đi công tác tuyến lửa như bác sỹ Nguyễn Trinh Cơ, các bác sỹ Nguyễn Bửu Triều, Nguyễn Xuân Thụ, Dương Chạm Uyên, Đặng Hanh Đệ, Trần Quán Anh… nhằm xây dựng tuyến cũng như hỗ trợ chuyên môn, thực hiện chủ trương ngoại khoa hoá toàn ngành của Bộ Y Tế. Kết quả chuyến đi, ngoài các kết quả về chuyên môn, bác sỹ Trần Quán Anh đã viết nên vở kịch Tiền Tuyến Gọi và sau này dựng lên thành bộ phim chuyện nổi tiếng của Việt Nam.

Ở lại bệnh viện Việt Đức, bên cạnh công tác giảng dạy, đặc biệt tập trung cho các lớp đào tạo bác sỹ cho chiến trường B, các thày vẫn tiếp tục công tác nghiên cứu khoa học như những thành công trong phẫu thuật tim mở (Tôn Thất Tùng, Phạm Hoàng Phiệt, Đặng Hanh Đệ), các nghiên cứu về phòng, chống sốc (Tôn Đức Lang, Phạm Hoàng Phiệt, Nguyễn Thụ), tháo lồng bằng bơm hơi ( Ngô Đình Mạc), cắt gan và điều trị ung thư gan (Tôn Thất Tùng, Phạm Hoàng Phiệt, Nguyễn Đình Hối, Tôn Thất Bách)…

Đáp ứng cho sự nghiệp giải phóng dân tộc, đóng góp trực tiếp cho chiến trường miền nam, chiến trường Lào, hầu hết cán bộ của bộ môn đã hăng hái xung phong đi chiến trường nhưng may mắn chỉ dành cho bác sỹ Nguyễn Văn Thái, Đỗ Nguyên Phương, bác sỹ Nguyễn Mễ, bác sỹ Đỗ Đức Vân, Trần Quán Anh (chiến trường B) và bác sỹ Nguyễn Luân, Vũ Tự Huỳnh (chiến trường C).

Đỉnh điểm của cuộc chiến tranh chống Mỹ của dân tộc Việt Nam nói chung và bộ môn ngoại nói riêng là cuộc đọ sức với B52 trong12 ngày đêm lịch sử tại Hà Nội. Cán bộ bộ môn và sinh viên học ngoại có mặt phục vụ cấp cứu chiến thương tại các bệnh viện Việt Đức, Bạch Mai, St Paul… Bác sỹ Bùi Chu Hoành, Đào Xuân Tích được biệt phái sang Gia Lâm và Đông Anh. Không ai có thể quyên được hình ảnh Giáo sư Tôn Thất Tùng với chiếc mũ sắt Liên Xô có mặt liên tục suốt 12 ngày đêm tại bệnh viện Việt-Đức, trực tiếp phân loại chiến thương cũng như chỉ đạo công tác cấp cứu hàng loạt. Ông là người Giáo sư duy nhất ở lại cùng bệnh viện và bộ môn mặc dầu trung ương cũng như chi bộ bộ môn đề nghị ông đi sơ tán. Tại bệnh viện Việt Đức, các cán bộ bộ môn ngày đêm ăn ngủ trong bệnh viện và cứ đến 18 giờ 30 lại tập trung quanh chỗ bác sỹ Thụ A ở phòng 2, người duy nhất có chiếc đài bán dẫn để nghe tin tức và bình luận của đài BBC về các thông tin đánh phá của không lực Hoa Kỳ. Chính với những đóng góp này, thày và trò sinh viên bộ môn ngoại đã được nhà nước tặng thưởng Huân Chương Kháng Chiến hạng ba và bác sỹ Đào Xuân Tích được tặng thưởng Huy hiệu Hồ Chủ Tịch

Trong giai đoạn này, bộ môn đã được bổ sung các cán bộ trẻ như Phạm Gia Khánh (Ngoại bệnh lý Bạch Mai), Phạm Thị Hảo, Phan Hoàng Phương (phòng thực nghiệm 1966), Nguyễn Bá Kinh (ngoại bệnh lý 1968), Tôn Thất Bách (ngoại lâm sàng 1969), Đào Xuân Tích (1970 chuyển từ Thái Bình lên), Trần Xuân Dung, Hoàng Công Đắc (1971), Lê Văn Điềm, Nguyễn Văn Tuất (1972). Bên cạnh bổ sung các bác sỹ, bộ môn cũng được bổ sung một số kỹ thuật viên hỗ trợ cho công tác giảng dạy và nghiên cứu như Hoàng Thị Thu (nghiên cứu toan độ dịch vị dạ dày), Nguyễn Thị Thanh Bình A (Phòng Thực Nghiệm).

Mặc dầu khó khăn trong chiến tranh nhưng nhà trường vẫn cử các cán bộ giảng dạy bộ môn đi đào tạo tại Pháp (các bác sỹ Nguyễn Bửu Triều, Nguyễn Xuân Thụ, Nguyễn Thụ, Vương Hùng, Nguyễn Đình Hối, Đỗ Kim Sơn), tại Tiệp Khăc (bác sỹ Đặng Hanh Đệ), CHDC Đức (các bác sỹ Nguyễn Bửu Triều, Nguyễn Mễ, Nguyễn Đoàn Hồng, Dương Đức Bính, Ngô Bảo Khang)…

Cũng trong hoàn cảnh khó khăn như vậy, để đào tạo cho địa phương, bộ môn ngoại là một trong những bộ môn đầu tiên đào tạo bác sỹ chuyên khoa cấp II chính quy vào năm 1972 với các học viên có nhiều kinh nghiệm ngoại khoa như bác sỹ Đỗ Quang, Đỗ Phú Đông (Hải Phòng), Phạm Lộng Chương, Trần Gia Khánh (Tây Bắc)… Năm 1974, bộ môn bắt đầu đào tạo bác sỹ nội trú bệnh viện với ba học viên đầu tiên là Lợi Hồng Sơn, Ngô Xuân Trinh và Nguyễn Văn Đạt. Năm 1975, khi có lệnh tổng động viên, nhiều cán bộ và bác sỹ nội trú chưa học sang được điều động sang quân y như bác sỹ Phạm Gia Khánh (nay là Giám đốc Học viện Quân Y), cũng như nội trú Ngô Xuân Chinh, nội trú Nguyễn Văn Đạt. Khoá nội trú thứ tám mới đào tạo được một năm thì một số phải ngừng học tập thực hiện nghĩa vụ quân sự như nội trú Cao Mạnh Liệu, Nguyễn Quốc Kính… khi chưa học xong. Trước tình hình đó, Giáo sư Tôn Thất Tùng đã chính thức đề nghị với bộ quốc phòng cho phép tạm hoãn chế độ nghĩa vụ quân sự cho các bác sỹ nội trú trong quá trình đào tạo và nhờ đó, việc đào tạo bác sỹ nội trú được thuận lợi hơn. Chính hình thức đào tạo này đã xây dựng cơ sở đào tạo nhân tài cho ngành ngoại khoa mà rất nhiều người đang thành đạt và tiếp tục kế thừa như Vũ Minh Giang, Nguyễn Thanh Liêm, Nguyễn Văn Mão, Công Quyết Thắng, Nguyễn Quốc Kính, Hà Văn Quyết, Đoàn Hữu Nghị, Nguyễn Ngọc Bích, Trần Ngọc Bích, Nguyễn Đình Tráng, Bùi Đức Phú, Lê Lộc, Nguyễn Thanh Long, Trịnh Hồng Sơn, Trần Bình Giang, Nguyễn Hữu Ước…

Ngày 30 tháng Tư năm 1975, đất nước hoàn toàn giải phóng nhưng không lâu, chiến tranh Tây Nam và năm 1978, chiến tranh biên giới Việt - Trung nổ ra. Cán bộ bộ môn và bác sỹ nội trú có mặt ngay tại các nơi chiến sự ác liệt: mặt trận Tây Nam với bác sỹ Đào Xuân Tích mặt trận Cao Bằng với các bác sỹ Nguyễn Đình Hối, Nguyễn Thụ, Đặng Hanh Đệ, nội trú Hà Văn Quyết; mặt trận Lạng Sơn với các bác sỹ Vương Hùng, Nguyễn Quang Bài, Đỗ Đức Vân, nội trú Nguyễn Công Tô và Trần Văn Tuyên; Lao Cai với bác sỹ Tôn Đức Lang và nội trú Nguyễn Thanh Liêm cho đến khi chiến tranh kết thúc năm 1979.

Năm 1980, nhà nước phong hàm cho một số cán bộ bộ môn: Giáo sư Nguyễn Trinh Cơ, Phó Giáo sư Bửu Triều. Một số cán bộ bộ môn đã là những người đi tiên phong, bảo vệ luận án Phó Tiến sỹ Y học chuyên ngành ngoại khoa đầu tiên tại Việt Nam đó là bác sỹ Đỗ Kim Sơn (18-11-1982 với nghiên cứu phẫu thuật nối tĩnh mạch lách-thận trung tâm) và bác sỹ Nguyễn Đình Hối (19-11-1982 với nghiên cứu phẫu thuật cắt thần kinh X). Năm 1984, nhà nước phong chức danh Giáo sư cho PGS Nguyễn Bửu Triều, Phó Giáo sư cho các bác sỹ Đặng Hanh Đệ, Vương Hùng, Nguyễn Thụ, Dương Chạm Uyên, Nguyễn Đức Phúc, Nguyễn Đình Hối, Dương Đức Bính, Nguyễn Đoàn Hồng, Ngô Bảo Khang, Ngô Đình Mạc, Nguyễn Mễ, Phạm Hoàng Phiệt, Nguyễn Thụ, Nguyễn Xuân Thụ. Nhằm mở rộng cơ hội gửi bác sỹ trẻ đi đào tạo nước ngoài trong khi nhà nước còn hết sức khó khăn về kinh phí, năm 1981, Giáo sư Tôn Thất Tùng đã thiết lập với bác sỹ J.M. Krivine (Eau Bonne) chương trình gửi bác sỹ ngoại khoa sang làm việc tại Pháp với chức danh nội trú (FFI). Từ sự khởi nguồn của hình thức này dần dần chính phủ Pháp đã phát triển thành chương trình hợp tác chính phủ hai nước để giúp đỡ cho đào tạo bác sỹ trẻ của Việt Nam. Năm 1982 ông thiết lập mối quan hệ với Strasbourg trong chương trình đào tạo nhưng ngay sau đó ông đột ngột qua đời, Giáo sư Nguyễn Trinh Cơ giữ vai trò Chủ nhiệm Bộ môn, Hiệu Trưởng và Bí thư Đảng uỷ nhà trường, Giáo sư Nguyễn Dương Quang được bổ nhiệm giám đốc bệnh viện Việt-Đức.

Một số cán bộ bộ môn chuyển biên chế ra khỏi bộ môn như Đỗ Kim Sơn sang bệnh viện Việt Đức; Nguyễn Xuân Thụ sang Viện Nhi; Bùi Chu Hoành sang Bộ LĐTBXH Nguyễn Đình Hối, Phạm Hoàng Phiệt, Nguyễn Đoàn Hồng, Ngô Bảo Khang về ĐHYD thành phố Hồ Chí Minh; Dương Đức Bính sang bệnh viện St Paul…, một số cán bộ do đời sống khó khăn đi làm chuyên gia dài hạn ở Pháp, Algérie như Phạm Đình Châu, Trần Văn Tuyên.

Năm 1984 Giáo sư Hồ Đắc Di rồi năm 1985 Giáo sư Nguyễn Trinh Cơ lần lượt qua đời, Giáo sư Nguyễn Bửu Triều giữ vai trò chủ nhiệm bộ môn, phó Giáo sư Dương Chạm Uyên, Phó Chủ nhiệm Bộ môn phụ trách giáo vụ. Các phó Giáo sư Nguyễn Thụ, Vương Hùng, Đỗ Đức Vân, Đặng Hanh Đệ giữ nhiệm vụ Phó Chủ nhiệm Bộ môn. Từ năm 1980, phó Giáo sư Nguyễn Thụ được bổ nhiệm Phó Hiệu trưởng Nhà trường, từ năm 1982 đến 1986 được bầu làm bí thư Đảng uỷ Nhà trường.

Cũng từ năm 1984, sự bất cập của cơ chế vận hành nền kinh tế tập trung quan liêu bao cấp đã dẫn đến cuộc khủng hoảng của nền kinh tế nước ta. Cùng với sự tan rã của Đông Âu và sự sụp đổ của Liên Xô, cuộc khủng hoảng đã tác động đến thượng tầng kiến trúc của xã hội Việt Nam, đó là ngành y tế và giáo dục. Quan hệ viện trường trở nên tế nhị vì lợi ích cá nhân, quan hệ người bệnh và người thày thuốc bị đồng tiền xen giữa, các thày cô phải bươn trải để kiếm sống, quan tâm chủ yếu đến thủ thuật, phẫu thuật mà sao nhãng giảng dạy.

Mặc dầu khó khăn như vậy nhưng công tác đào tạo bác sỹ nội trú vẫn giữ vững được truyền thống. Bác sỹ Tôn Thất Bách từ năm 1981 được phân công trực tiếp phụ trách đào tạo nội trú cho đến năm 1993, khi được bổ nhiệm chức vụ Hiệu Trưởng Trường ĐHYHN. Lực lương cán bộ bổ sung cho bộ môn trừ một số rất hãn hữu chuyển từ nơi khác về hoặc bác sỹ đa khoa nhận về theo diện chính sách (bác sỹ Đỗ Văn Hùng, Trần Quốc Bình, Nguyễn Vũ Khải Ca ), còn hầu hết đều xuất thân từ bác sỹ nội trú: Nguyễn Văn Mão, Hà Văn Quyết, Đoàn Thanh Tùng, Nguyễn Ngọc Bích, Hà Kim Trung, Phạm Đức Huấn, Hoàng văn Hùng, Nguyễn Công Tô, Trần Văn Tuyên, Phùng Ngọc Hoà, Trần Hiếu Học, Nguyễn Hữu Ước …

Trước sự sống còn của đất nước, năm 1986 Đảng Cộng Sản Việt Nam đã mạnh dạn lãnh đạo đất nước tiến hành công cuộc đổi mới. Từ những khó khăn ban đầu của sự chuyển đổi nền kinh tế tập trung quan liêu bao cấp sang vận hành nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, đất nước đã vượt qua cơn khủng hoảng, dần đi vào thế ổn định và phát triển.

Năm 1989, phó Giáo sư Nguyễn Thụ được bổ nhiệm chức vụ Hiệu Trưởng Trường Đại Học Y Hà Nội.

Năm 1991-1992 nhà nước phong hàm Giáo sư cho các Phó Giáo sư Nguyễn Thụ, Đặng Hanh Đệ, Dương Chạm Uyên, Vương Hùng và phó Giáo sư cho các bác sỹ Trần Quán Anh, Phạm Văn Phúc, Đỗ Đức Vân, Tôn Thất Bách.

Năm 1996, nhà nước phòng hàm Giáo sư cho phó Giáo sư Đỗ Đức Vân, hàm phó Giáo sư cho các bác sỹ Lê Ngọc Từ, Đào Xuân Tích, Nguyễn Quang Bài, Hoàng Công Đắc.

Năm 2001, nhà nước phong hàm phó Giáo sư cho bác sỹ Nguyễn Ngọc Bích.

Loại hình đào tạo của bộ môn cũng tăng nhiều hơn, cả đào tạo đại học lẫn đào tạo sau đại học.

Đào tạo đại học bên cạnh hệ bác sỹ đa khoa nay có thêm hệ điều dưỡng đại học.

Đào tạo sau đại học gồm có bác sỹ nội trú, thạc sỹ, BSCK cấp I chính quy và tại chức, BSCK cấp II chính quy, nghiên cứu sinh đồng thời do nhu cầu của các địa phương, số lượng đào tạo sau đại học tăng đột biến chính vì vậy, bảo đảm chất lượng đào tạo luôn là một mối quan tâm của bộ môn.

Trước tình hình và nhiệm vụ mới, hệ thống giáo vụ được tổ chức lại nhằm bảo đảm hiệu quả quản lý về tiến độ, quy chế và chất lượng đào tạo. Về đào tạo bác sỹ nội trú và thạc sỹ, do bộ đại học áp đặt nên riêng năm 1992, số bác sỹ nội trú đào tạo dưới danh nghĩa cao học còn từ năm 1993 trở đi, hai hình thức đào tạo này độc lập với nhau và chỉ có liên thông từ bác sỹ nội trú bổ sung một số chứng chỉ là được cấp bằng thạc sỹ. Trong đào tạo đại học, bộ môn tập trung vào xây dựng khung chương trình đào tạo theo mục tiêu bác sỹ đa khoa định hướng cộng đồng, xây dựng khung chương trình chi tiết, tăng cường vật liệu giảng dạy và tập trung viết sách giáo khoa đồng thời tăng cường đầu tư cho các luận văn tốt nghiệp bác sỹ đa khoa. Bên cạnh hướng dẫn sinh viên thực tập tại bệnh viện, cán bộ bộ môn còn tham gian hướng dẫn sinh viên thực tập tại thực địa cộng đồng ở Kim Bảng. Đối với đào tạo sau đại học, để đáp ứng cho nhu cầu vùng khó khăn, bộ môn đã tập trung đào tạo BSCK cấp I tại chức cho các tỉnh miền núi phía bắc như Tuyên Quang, Bắc Giang, miền trung cho Quảng Bình, Quảng Ngãi, Đồng Bằng Sông Cửu Long như Kiên Giang, Sóc Trăng, Cần Thơ, Tiền Giang… Trong đào tạo thạc sỹ và nghiên cứu sinh, bộ môn tổ chức đào tạo mặt bằng định hướng chuyên khoa trước khi thi tuyển đồng thời chất lượng đề tài, đề cương nghiên cứu, bảo đảm tiến độ và tăng cường khả năng thực hành cho học viên là những điều tập trung cho đối tương bác sỹ nội trú, thạc sỹ, BSCK cấp II và nghiên cứu sinh. Bộ môn cũng được nhà trường đầu tư cho truyền hình trực tiếp từ 8 phòng mổ của bệnh viện Việt-Đức ra hội trường để tăng cường kỹ năng cho sinh viên và học viên.

Trong công tác nghiên cứu khoa học, cán bộ bộ môn hầu hết giữ vai trò chủ chốt trong các ứng dụng kỹ thuật cao như phẫu thuật cắt gan, nội soi đường mật, nội soi tiết niệu, ghép tạng, tim mạch, phẫu thuật nội soi …

Trong hợp tác quốc tế, bộ môn đã tổ chức hợp tác đào tạo - tuyển chọn - trao đổi với Pháp trong các chuyên ngành Ngoại khoa; hợp tác trao đổi đào tạo với đại học Sydney Australia; hợp tác trong đào tạo chuyển giao kỹ thuật với Hoa Kỳ, Singapo…

Năm 1994, Giáo sư Nguyễn Dương Quang nghỉ hưu, phó Giáo sư Đỗ Kim Sơn đảm nhiệm chức vụ Giám đốc bệnh viện Việt-Đức. Trừ GS Bửu Triều (khoa Phẫu thuật Tiết Niệu), Vương Hùng (khoa Ngoại bệnh viện Bạch Mai) được bổ nhiệm chủ nhiệm khoa từ trước, một số cán bộ một số cán bộ bộ môn được bổ nhiệm chức vụ chủ nhiệm khoa như Dương Chạm Uyên (phẫu thuật thần kinh sọ não), Đỗ Đức Vân (phẫu thuật tiêu hoá), Đặng Hanh Đệ (phẫu thuật tim mạch bệnh viện Việt Đức và khoa ngoại bệnh viện Việt Xô), Tôn Thất Bách (khoa Phẫu thuật tiêu hoá và Phó Giám đốc bệnh viện Việt-Đức), Nguyễn Quang Bài chủ nhiệm khoa phẫu thuật sọ não bệnh viện St Paul. Cũng trong năm 1994, để đảm bảo phát triển, bộ môn Gây mê Hồi sức tách ra khỏi bộ môn ngoại. Năm 1995 bác sỹ Nguyễn Bá Kinh được bổ nhiệm giám đốc bệnh viện Thanh Nhàn sau khi rời bộ môn về làm Phó Giám đốc bệnh viện G1, năm 1999 bác sỹ Lê Văn Điềm được bổ nhiệm Giám Đốc bệnh viện St Paul, PGS Hoàng Công Đắc được bổ nhiệm phó giám đốc bệnh viện E,. Một số cán bộ bộ môn chuyển biên chế sang bệnh viện Việt-Đức (Đoàn Thanh Tùng, Nguyễn Vũ Khải Ca) và bộ môn vẫn tiếp tục bổ sung các bác sỹ nội trú tốt nghiệp như Trần Bảo Long, Đỗ Trường Thành, Hoàng Long, Đỗ Trường Sơn, Đồng Xuân Hệ, Dương Đại Hà và một số bác sỹ khác như Trịnh Anh Tuấn (từ phòng NCKH chuyển về), Đào Xuân Thành, Lê Văn Khánh (tốt nghiệp ở Odessa và Liên Bang Nga).

Một bộ phận hết sức quan trọng đã góp phần không nhỏ cho lịch sử bộ môn không thể không nhắc đến đó là những cán bộ kỹ thuật viên. Ngay từ rất sớm của thập niên 60, để tăng cường kỹ năng thực hành cho sinh viên, bộ môn đã được tiếp nhận những y tá công tác trong phòng tiểu phẫu như chị Tâm, chị Dung. Sau đó bộ môn được bổ sung những kỹ thuật viên nắn bó bột công tác tại phòng khám xương ở Việt Đức và Bạch Mai như Trương Công Lân, Phạm Dũng Tiến. Tại Bạch mai, bộ môn được tiếp nhận các y tá Nguyễn Kim Loan, Lê Thanh Hương. Tại Việt Đức, ngoài chị Thu và chị Bình A, bộ môn được bổ sung các chị Nguyễn Thị Thanh Bình B (sau chuyển về bộ môn gây mê), Nguyễn Thị Thanh Bình C, Nguyễn Thị Thành, Nguyễn Thị Mỵ. Các chị vừa đảm nhiệm chức năng y tá hoặc kỹ thuật viên, vừa đảm nhiệm chức năng phục vụ cho công tác giảng dạy và quản lý sinh viên. Một người mà ít cán bộ lâu năm của bộ môn có thể quên được đó là chị Phan Thị Bảy. Chị là nhân viên đánh máy, phục vụ không chỉ bộ môn mà còn cả phục vụ cho bệnh viện Việt Đức và là người đóng góp công sức chủ yếu cho những bữa liên hoan của bộ môn.

Năm 1998, Giáo sư Nguyễn Bửu Triều thôi giữ chức chủ nhiệm bộ môn và PGS viện sỹ Tôn Thất Bách đảm nhiệm chức vụ này cùng với các phó chủ nhiệm là Giáo sư Đỗ Đức Vân, Đặng Hanh Đệ, Vương Hùng và phó chủ nhiệm thường trực là tiến sỹ Hà Văn Quyết.

Hiện nay, bộ môn ngoại có 42 cán bộ công chức bao gồm 34 cán bộ giảng dạy trong đó có 6 Giáo sư, 6 phó Giáo sư, 1 tiến sỹ, 23 thạc sỹ cùng với 8 kỹ thuật viên và nhân viên. Các cán bộ bộ môn công tác tại bệnh viện Việt-Đức, Khoa Ngoại bệnh viện Bạch Mai và Khoa Ngoại bệnh viện St Paul. Bộ môn đã có 4 nhà giáo nhân dân (Nguyễn Bứu Triều, Đặng Hanh Đệ, Đỗ Đức Vân, Tôn Thất Bách), 6 nhà giáo ưu tú (Dương Chạm Uyên, Nguyễn Đức Phúc, Vương Hùng, Trần Quán Anh, Lê Ngọc Từ, Đào Xuân Tích). Nhiều Giáo sư và phó Giáo sư trong bộ môn đã được nhận những phần thưởng cao quý của Đảng và nhà nước. Cố Giáo sư Tôn Thất Tùng được tặng huân chương Hồ Chí Minh và truy nhận giải thưởng khoa học Hồ Chí Minh, Giáo sư Nguyễn Trinh Cơ được tặng thưởng huân chương Độc Lập và được truy nhận giải thưởng khoa học nhà nước. Giáo sư Nguyễn Bửu Triều được tặng thưởng Huân chương Độc Lập hạng hai, các Giáo sư Đặng Hanh Đệ, Đỗ Đức Vân và phó Giáo sư Tôn Thất Bách được tặng thưởng Huân Chương Lao Động hạng ba. Không kể số sinh viên y khoa đã được đào tạo qua bộ môn, cho đến nay bộ môn đã đào tạo 60 bác sỹ nội trú, 87 thạc sỹ và 22 tiến sỹ y khoa.

Với truyền thống như vậy nên bộ môn đã 27 năm liên tục đạt danh hiệu tổ đội lao động xã hội chủ nghĩa, được Đảng và nhà nước trao tặng Huân Chương Độc Lập hạng ba (1966), Huân chương kháng chiến hạng hai (1973), Huân chương kháng chiến hạng ba (1980), Huân chương Lao Động hạng hai (1985) và Huân chương Độc Lập hạng hai trong thời kỳ đổi mới (2002)

Bước sang thế kỷ XXI cũng là lúc bộ môn có sự chuyển giao thế hệ. Với một quá khứ hào hùng như vậy, chắc chắn lớp người kế tiếp của bộ môn sẽ vững bước kế thừa và phát triển bộ môn trong một giai đoạn lịch sử mới, giai đoạn đất nước Việt Nam hiện đại hoá và công nghiệp hoá.